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La decisión de crear la UMAR es tomada en 1991 por el Licenciado Heladio Ramírez López, Gobernador del Estado de Oaxaca (1986-1992), quien encomienda el diseño de la Universidad y su ejecución al Rector de la Universidad Tecnológica de la Mixteca, el Dr. Modesto Seara Vázquez.
Se decidió establecerla en las instalaciones de la Secundaria Técnica Pesquera con instalaciones en Puerto Ángel, la cual se trasladó a la cercanía.
Concluidas las obras de remodelación la universidad fue inaugurada formalmente el 22 de agosto de 1992.
En el año 2001 los campus de Puerto Escondido y Huatulco inician actividades.