Estructura General
El presupuesto es cubierto por el gobierno del Estado y la Secretaría de Educación Pública, además de los ingresos propios, donaciones o cobro de servicios.
Órganos personales
Los órganos personales son:
Es la suprema autoridad universitaria. Su principal objetivo es cuidar el cumplimiento de los fines de la Universidad a través de las atribuciones que posee. Dirigir y coordinar la realización de las funciones y actividades del quehacer académico y administrativo, así como las de servicios que promuevan al desarrollo de la región y el Estado de Oaxaca.
Es quien coordina y supervisa las actividades para la planeación, programación, desarrollo, control y evaluación de las funciones de docencia e investigación, así como actividades de difusión y promoción del desarrollo, conforme a lo establecido en la normatividad universitaria.
Es el encargado de dirigir, coordinar y supervisar la administración de los recursos humanos, materiales y financieros, así como la prestación de servicios generales que sean necesarios, conforme a las normas y procedimientos establecidos en la legislación universitaria, para el desarrollo adecuado de las funciones institucionales.
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Órganos colegiados
Con competencia presupuestaria y que también confirma los nombramientos definitivos y ascensos de profesores, los planes de estudio, etc.
Órgano de enlace entre la Universidad y la sociedad, que está formado por representantes de la propia Universidad, del gobierno del Estado y de la sociedad civil.